Act I
이야기는 음유시인 그랭구와르의 시대에 대한 서곡으로 시작된다.
파리 노트르담 성당의 주교 프롤로는 우연히 춤추는 집시 여인 에스메랄다를 본 후 그녀에 대한 정염과 종교 사이에서 갈등하는 인물이다. 그는 흉측한 꼽추 콰지모드를 어릴 적 배고픔에서 구해내 키운 인물이기도 하고 노예처럼 부려온 인물이기도 하다. 그런 그를 성당의 종지기 콰지모도는 충직한 종처럼 따른다. 노트르담 성당 널찍한 광장에 모여 사는 집시들 무리 속에, 우두머리 클로팽과 모든 남자들이 연정을 품는 에스메랄다가 산다. 노트르담 성당의 주교 프롤로 역시 그녀에게 은밀한 연정을 품은 남자들 중 하나였다. 어느 날 그는 콰지모도에게 에스메랄다의 납치를 명한다. 에스메랄다가 콰지모도에게 납치당하려는 순간, 근위대장 페뷔스가 나타나 그녀를 구해내고 콰지모도를 체포한다. 플레르란 약혼녀가 있었던 페뷔스지만 에스메랄다의 치명적 매력에 그들은 서로 사랑에 빠진다. 바퀴형틀에 묶여 애타게 물을 찾는 콰지모도. 모든 군중과 그의 주인 프롤로마저 그를 조롱하고 외면할 때, 에스메랄다가 나타나 그에게 물을 준다. 그런 그녀를 바라보는 삼색의 사랑, 슬픔의 콰지모도, 욕망의 프롤로, 사랑의 페뷔스... Belle(참 아름답다)! 이루어질 수 없는 욕망과 질투심에 눈이 먼 프롤로 주교는 에스메랄다를 만나러 가는 페뷔스를 미행, 결국 그를 칼로 찌른다.

Act II
에스메랄다가 어디 있는지 모르는 콰지모도는 노트르담의 종마저 치지 않은 채 슬픔에 빠져있고, 클로팽과 불법 체류자들은 감옥에 갇힌다. 페뷔스를 찌른 죄를 에스메랄다에게 뒤집어씌운 프롤로와 마녀의 마법에 빠졌었다며 에스메랄다를 배신하는 페뷔스, 이를 모른 채 사랑을 위해 죽음을 택하는 에스메랄다, 그리고 그녀를 위해 클로팽들을 탈옥시키는 콰지모도. 콰지모도는 에스메랄다와 함께 노트르담 성당으로 피신하고, 프롤로의 명을 받은 페뷔스와 병사들은 그들을 공격한다. 그 와중에 에스메랄다를 지키려던 클로팽이 죽고, 불법 체류자들은 추방된다. 프롤로에게 잡혀 페뷔스에게 인도되어지는 에스메랄다. 에스메랄다가 교수형에 처해지는 동시에 프롤로 역시 콰지모도에게 죽음을 맞는다. 그리고 이어지는 콰지모도의 슬픈 노래…….